หน้าที่ความรับผิดชอบของกองวิจัยและพัฒนาข้าว ตามประกาศกฎกระทรวง 3 เมษายน 2549 มีดังนี้

1) อนุรักษ์คุ้มครองและใช้ประโยชน์จากพันธุกรรมข้าว

2) ศึกษาวิจัยและพัฒนาพันธุ์ข้าว

3) วางแผนการผลิตเมล็ดพันธุ์ชั้นพันธุ์คัด และชั้นพันธุ์หลัก

4) ศึกษาวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีการผลิต การอารักขา และวิทยาการหลังการเก็บเกี่ยวและการแปรรูปข้าววิทยาการเมล็ดพันธุ์และมาตรฐานพันธุ์

5) ศึกษาวิจัยและพัฒนาวิศวกรรมการผลิตและการแปรรูปข้าว

6) ตรวจสอบและรับรองระบบการผลิตและผลิตภัณฑ์

7) กำกับ ดูแล การดำเนินงานของศูนย์วิจัยข้าว

8) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับ

 
กลุ่มงาน และการบริหารจัดการของกองวิจัยและพัฒนาข้าวในส่วนกลาง
กองวิจัยและพัฒนาข้าว ในส่วนกลางแบ่งออกเป็น 1 ฝ่าย 2 กลุ่ม คือ ฝ่ายบริหารทั่วไป กลุ่มบริหารโครงการวิจัย และกลุ่มวิชาการ งานด้านต่างๆ ในฝ่าย/กลุ่ม ประกอบด้วย
1) ฝ่ายบริหารทั่วไป

2) กลุ่มบริหารโครงการวิจัย

(2.1) งานแผนและระบบงานวิจัย

(2.2) งานทะเบียนและงบประมาณงานวิจัย

(2.3) งานติดตามและประเมินผลงานวิจัย

3) กลุ่มวิชาการ

(3.1) งานอนุรักษ์และใช้ประโยชน์จากทรัพยากรพันธุกรรม

(3.2) งานปรับปรุงพันธุ์

(3.3) งานวิจัยการใช้ประโยชน์จากเทคโนโลยีชีวภาพข้าว

(3.4) งานวิจัยเทคโนโลยีการผลิต

(3.5) งานวิจัยเทคโนโลยีการอารักขา

(3.6) งานเมล็ดพันธุ์และวิทยาการเมล็ดพันธุ์

(3.7) งานวิจัยวิทยาการหลังการเก็บเกี่ยวและแปรรูปข้าว

(3.8) งานวิจัยและพัฒนาเครื่องจักรกลเกษตรเพื่อการผลิต วิทยาการหลังการเก็บเกี่ยว และการแปรรูป

(3.9) งานตรวจสอบระบบการผลิตและผลิตภัณฑ์เพื่อการรับรอง

กลุ่มงาน และการบริหารจัดการของกลุ่มศูนย์
เพื่อให้กลุ่มศูนย์สามารถดำเนินงานภารกิจ โดยเฉพาะอย่างยิ่งด้านงานวิจัยและพัฒนา (ภารกิจหลัก Core function) ได้อย่างมีประสิทธิภาพ และเพื่อการสร้างความเข้มแข็งให้กับการดำเนินภารกิจด้านต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งด้านการวิจัย ซึ่งจำเป้นต้องครอบคลุมทุกสาขาวิชา โครงสร้างของการดำเนินงานแบ่งออกเป็น 1 ฝ่าย และ 6 กลุ่ม คือ
1) ฝ่ายบริหารทั่วไป

2) กลุ่มพืชศาสตร์ (ปรับปรุงพันธุ์ พันธุศาสตร์ สรีรวิทยา และอนุรักษ์)

3) กลุ่มเทคโนโลยีการผลิต (เขตกรรม ปุ๋ย การจัดการดินและน้ำ และเกษตรวิศวกรรม)

4) กลุ่มเทคโนโลยีการอารักขา (โรค แมลง และสัตว์ศัตรู และวัชพืช)

5) กลุ่มเมล็ดพันธุ์และวิทยาการเมล็ดพันธุ์

6) กลุ่มวิทยาการหลังการเก็บเกี่ยวและแปรรูปผลิตภัณฑ์

7) กลุ่มถ่ายทอดเทคโนโลยี